Ein Nachteil dieser Marketing-Form ist sicherlich, dass es schwierig ist, für Nischenprodukte die passenden Publisher zu finden. Es gibt zwar viele Publisher (vor allem Blogger), die spezifische Themenbereiche abdecken, jedoch sind diese häufig der Einbindung von Produktlinks gegenüber skeptisch eingestellt, da sie ihre Unabhängigkeit und Authentizität nicht durch ein Übermaß an Werbung gefährden wollen.
Des Weiteren bleiben viele Kunden ihrem persönlichen Lieblingsonlineshop treu; sie präferieren zum Beispiel Amazon, da sie dort bereits ein Benutzerkonto haben, über das sie mit nur wenigen Klicks bequem bestellen können. Ein weiterer Nachteil: Die Einnahmen sind im Voraus nur schwer abzuschätzen und nicht beliebig skalierbar. Man sollte sich selbst also einen Zeitrahmen setzen und kontrollieren, ob die Einnahmen sich in die richtige Richtung entwickeln.
Die Vorteile (vor allem des contentbasierten) Affiliate-Marketings überwiegen jedoch eindeutig. Zum einen werden AdBlocker und Co. bei contentbasiertem Affiliate-Marketing umgangen, da die Links durch die Einbettung in den Content bestehen bleiben. Des Weiteren muss kein extra Produkt erstellt werden, da man einfach bestehende Strukturen von Publishern nutzen kann oder eigene Strukturen lediglich erweitern muss. Darüber hinaus können unterschiedliche Herangehensweisen flexibel ausgetestet werden: So können Sie zum Beispiel variieren, welche Produktgruppen Sie in den Mittelpunkt stellen, welche Publisher Sie testen oder mit welchen Provisionsmodellen Sie arbeiten.
Ein weiterer großer Vorteil für Publisher ist die Erzielung von passivem Einkommen über einen längeren Zeitraum. Bei inhaltsgetriebenem Affiliate-Marketing haben Artikel meist länger Bestand, es können also immer wieder neue potenzielle Käufer auf Händlerseiten gelotst werden. Die Cookies sind im Idealfall bis zu 90 Tage beim User hinterlegt und somit gibt es die Möglichkeit, auch lange nach dem aktiven Lesen eines Artikels noch von einem Kauf zu profitieren.
Händler profitieren unter anderem von einer geringeren Cost-per-Order als im Search Engine Marketing. Außerdem bezahlt der Merchant nur bei realem Umsatz eine Provision an den Publisher; somit ist Affiliate-Marketing für den Merchant ein recht risikofreies Geschäft. Ein weiterer Vorteil ist, dass Sie mögliche Neukunden außerhalb Ihrer sonstigen Filterbubble erreichen können. So kann Ihr Shop auf Gutschein- und Preisvergleichsseiten ganz neue Kunden ansprechen und auf Ihr Unternehmen aufmerksam machen.